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取消两部手机短信同步，可以按照以下步骤操作（以iPhone和Android为例）。
iPhone：
1、打开手机“设置”。
2、找到并点击“信息”选项。
3、关闭“iMessage信息”选项，这样，iPhone就不会再同步短信了，如果使用的是iCloud进行备份并同步，也需要关闭相关的备份设置。
Android手机：
1、对于使用同一个品牌的手机，例如华为、小米等，通常可以通过关闭云同步或相关账户同步功能来取消短信同步，具体路径可能因手机型号不同而异，但一般可以在设置菜单中的账户同步或云同步选项里找到相关设置。
2、对于不同品牌的手机，如果使用了如QQ同步助手等应用进行同步，需要在该应用的设置里取消同步。
3、如果使用了Google账号进行同步，可以在Google的同步设置里取消短信同步。
取消同步后，两部手机之间的短信将不再相互关联，如果以后需要重新同步，需要重新开启相应的同步功能，取消同步后，之前已经同步的短信仍然会保留在各自的手机上，如果想完全删除已同步的短信，需要手动进行删除。
仅供参考，对于具体的手机品牌和操作系统版本，操作步骤可能会有所不同，如有疑问，建议查看手机说明书或咨询手机制造商的客服。